Numeriske simuleringer av hjertets elektrofysiologi ned mot cellenivå

MICROCARD er et europeisk forskningsprosjekt for å bygge programvare som kan simulere hjertets elektrofysiologi ved hjelp av helhjertemodeller med subcellular oppløsning, på fremtidige eksascale superdatamaskiner. Den er finansiert av EuroHPC call Towards Extreme Scale Technologies and Applications. Prosjektet starter i april 2021.

Sammendrag

Kardiovaskulær sykdom er den hyppigste årsaken til død i hele verden, og halvparten av slike kardiovaskulære dødsfall skyldes hjertearytmi som opptrer når de elektriske impulsene i hjertet ikke fungerer normalt og dermed ødelegger hjertets elektriske synkroniseringssystem. Matematiske modeller, samt simuleringer av disse modellene på datamaskin, er veldig viktige for å forstå det elektriske synkroniseringssystemet og hvorfor syke tilstand oppstår. I dag er allerede avanserte matematiske modeller brukt i forskning, men disse modellene er ikke i stand til å studere alle individuelle cellene i hjertet (ca. 2 milliard celler). Derfor må forskerne ty til en kraftig tilnærming og nøye med mye lavere oppløsninger i simuleringene. Dagens matematiske modeller kan f.eks. ikke forklare sykdommens forløp i aldrende og strukturelt syke hjerter, hvor en redusert elektrisk kobling kan føre til store forskjeller mellom naboceller, som har en potensielt dødelig konsekvens.

For å kunne modellere og dermed simulere de individuelle cellene i et helt hjerte, må vi takle et matematisk problem som er ca. 10000 ganger større og vanskeligere å løse enn dagens standard. Vi trenger derfor mye kraftigere superdatamaskiner samt nye oppfinnelser som kan sikre en effektiv bruk av disse superdatamaskinene.

Hovedmålet til prosjekt MICROCARD er å utvikle programvare som kan brukes til å løse dette ekstremt utfordrende problemet på fremtidige exascale superdatamaskiner. Vi skal også lage nye numeriske algoritmer som er spesielt tilpasset det underliggende matematiske problemet, og som passer for fremtidens ultrakraftige datamaskiner. Vi vil ikke nøye oss med et "proof of concept", men skal bruke den utviklede programvaren til å løse realistiske problemer innen kardiologi. Suksess til prosjektet vil være basert på et velfungerende team av dataeksperter, matematikere og biomedisinske ingeniører, støttet av et samarbeid med kardiologer og fysiologer.

Finansiering

Logos of the funding
organizations: ANR in France, The Research Council of Norway, the Federal
Ministry of Education and Research in Germany, EuroHPC, the European Union, the
Ministerio dello sviluppo economico in Italy, the Swiss Federation, and the
Federale Forschungsgemeinschaft in Austria.

LinkedIn: @project MICROCARD

Twitter: @P_Microcard

Latest news

Hartwig Anzt nominated at U Tennessee

Hartwig Anzt, leader of our Work Package 4, has been nominated director of the Innovative Computing Laboratory at the University of Tennessee. A part-time professorship at the Karlsruhe Institute of Technology allows him and his team members to stay with MICROCARD nevertheless.

Workshop completed

MICROCARD had its first on-site workshop on 6 and 7 July at the Liry institute in Bordeaux.

MICROCARD is touring Europe

In June, the MICROCARD project was presented at the Teratec Forum 2022 on 14 and 15 June in Paris, and at the HiPEAC meeting in Budapest on June 20–22. We also presented results at the ECCOMAS meeting in Oslo, the ISC High Performance meeting in Hamburg, and the CMBE meeting in Milan.


more news

Agenda

Tuesday 20 September

14:00 WP2+6 meeting

Wednesday 21 September

15:00 implementation taskforce meeting

Friday 23 September

14:00 WP7 meeting

Monday 26 September

15:00 WP1 meeting (core partners)

Tuesday 4 October

14:00 executive board meeting


full agenda

website powered by Dutch windmills • no cookies • all browsers welcome